El origen del Colegio Seminario “San Luis Gonzaga” se remonta al nacimiento del Seminario Conciliar “San Teodoro”, claustro principal de instrucción eclesiástica fundada por el primer Obispo de la Diócesis de Huánuco Monseñor Manuel Teodoro del Valle Seoane.
El primer rector nombrado por el Obispo fue el Rvdo. Padre Pedro Guzmán y fue él quien organizó su funcionamiento desde el 8 de agosto y lo dejó instalado el 17 de octubre de 1869 y desde entonces hasta 1932 el Colegio funcionó en el Seminario impartiendo la Educación Primaria.

Ante las gestiones del Obispo, el Ministerio de Instrucción Pública, a través de su Dirección General, expide la Resolución N° 104 del 18 de abril de 1933, autorizando el funcionamiento del colegio en el Nivel Primario con el nombre de “SAN LUIS GONZAGA”, en honor al Santo Italiano sugerido por el Monseñor Berroa, único Padre Jesuita que había quedado en Huánuco, quien admiraba la pureza, generosidad, sacrificio y consagración a Dios del joven santo que aspiraba el sacerdocio, su Director fue el Padre Andrés Illapa desde 1933 hasta 1937, año en el que le sucede en el cargo el Pbro. Juan Durán.

La magnitud del quehacer educativo se hace amplia, como irreversible es la inquietud de los educadores que dieron en las aulas sanluisinas mensajes de sabiduría, laboriosidad y catolicismo, por lo que entre 1964 y 1966, el Pbro. Elías Canchucaja Baldeón legisla las labores docentes de acuerdo a la R. D. N° 0808 del 2 de julio de 1966 para el personal interino y titular, que fue ampliada por su sucesor mediante R. D. N° 404 del 5 de mayo de 1968.

Con la orientación permanente de nuestro excelentísimo Monseñor Pedro Alberto BUSTAMANTE LÓPEZ y de su representante el Promotor Pbro. Yuri Yves LIÑÁN ROMERO; bajo la Dirección de la Mg. Lucy Teresa Reategui Valladolid, la Institución Educativa Seminario “San Luis Gonzaga”, inicia un nuevo camino, rumbo a los 158 años de vida institucional, al servicio de la niñez y juventud huanuqueña trabajando en el crecimiento espiritual, acercamiento a Dios y a los principios del Cristianismo, mejorando la calidad educativa basada en una formación integral, que busca preparar a nuestros estudiantes para enfrentar los desafíos de la vida de manera exitosa, con nuestro lema:

“POR AMOR A CRISTO CON GENEROSIDAD Y SACRIFICIO”